中心的前身福州市卫生防疫站成立于1952年7月,是全国第一批甲级防疫站,2003年12月更名为福州市疾病预防控制中心,公益一类事业单位,主要承担:疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测评价与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导。
中心成立以来,全面贯彻“预防为主”工作方针,加强全市传染病和慢性病防控,有效应对各类突发公共卫生事件,有力保障各类重大活动,有序开展健康相关因素监测,全力为市民提供全方位全周期的健康保障和服务,为“健康福州”建设做出积极贡献。